По умолчанию, после выкачки php проекта из репозитория, автодополнение может не работать. Тоесть даже внутри класса, среда не сможет подхватить его методы и поля, для автодополнения. Также, может отсутстовать поддержка автодополнения и документация базовых функций php.
Для решения проблемы, нажмите в диспетчере проектов Zend Studio (PHP Explorer) правой кнопкой мышки, на корне вашего проекта, далее выберите пункт Configure->Add PHP support...
